היזמה למחקר יישומי בחינוך פועלת באמצעות שלושה ערוצי פעילות מרכזיים, שבהם משתתפים חוקרים, אנשי שדה ומקבלי החלטות: ועדות מומחים (קונסנזוס), קבוצות עבודה ועיבוד והנגשת ידע מחקרי.